会社が破産する場合、請求書を出していなくても売掛金は請求できるのでしょうか

従業員の退職等により事務処理が完了していない、締め日の関係などで、売掛金について請求書を作成していない場合もあります。そのような場合であっても、請求することができないということはありません。

まず、資料・データを確認し、場合によっては元の会社の経理担当者などと連絡を取り、契約関係を確認うえで、請求することになります。
破産申立前であれば、会社を代理して破産申立の依頼を受けた弁護士が売掛金の請求をすることができますが、多くの事案では、破産管財人に上記の作業を実施してもらい、破産管財人が売掛金を請求しています。